Рід Glycine L. налічує 11 видів із двох підродів: Glycine Willd. Soja (Moench.) F. Y. Herm. До підроду Glycine належить 9 дикорослих багаторічних видів, розповсюджених переважно в Австралії, а також (два вида) в Китаї, островах Тихого океану. Високий вміст білку в насінні, стійкість до хвороб, скоростиглість, збільшена кількість бобів на рослині, їх багатонасіннєвість (до 12 насінин у бобі) — цінні селекційні ознаки цих диких видів, які можуть бути використовувані в якості донорів у віддаленої гібридизації та генній інженерії.
Підрід Soja включає культіген G. max (L.) Merr. і його предка — дикорослу усурійську сою G. soja Sieb. et Zucc. (G. ussuriensis Reg. et Maack.), яка розповсюджена на Дальньому Сході Росії, Північно-Східному Китаї, Японії, Кореї (за Вавиловим, центр походження культурной сої). В цьому регіоні зустрічається 3 дикорослих вида.
Види роду Glycine мають базове гаплоїдне число хромосом n=20, диплоїдне 2n=40. Морфологічні особливості хромосом сої вивчені замало, що обумовлено великої їх кількістю, дрібним розміром та трудністю отримання цитологічних препаратів.
До нинішнього часу невідомі плодовиті гідриди між підродами сої, але між видами культурної і усурійської сої отримані плодовиті гібриди, у яких спостерігали гетерозис за масою та кількістю насіння з рослини.
Соя належить до суворих самозапильників, хоча в залежності від погодних умов, наявності комах — бджол, джмелів та ін. у різних генотипів сої рівень перехресного запліднювання досягає 0,1—3,0%.